Pēc Pirmā pasaules kara, Latvijas neatkarīgās valsts pasludināšanas un agrārās reformas Rundāles muiža grāfam Šuvalovam tika atsavināta un nodota Zemkopības ministrijai. 

1922. gadā pils salonos iekārtojās Rundāles pamatskola. Bijušajā hercoga guļamistabā izveidoja izrāžu zāli, alkova kokgriezuma paneļus demontēja, bet ķieģeļu sienu alkova nišā izdekorēja ar antīku siluetu gleznojumiem. 1923. gadā ēku nedaudz remontēja.

1924. gadā bijušo muižas centru nodeva Kara invalīdu savienībai, pilī izmitināja 30 invalīdus, bet saimniecības ēkas iznomāja. Īrnieki pils zāles izmantoja sarīkojumiem. Baltajā zālē uzbūvēta skatuve un apaļa skārda krāsns, kas sabojāja veidojumus un parketu. 1924. gadā Pieminekļu valde panāca pils un parka iekļaušanu valsts pieminekļu sarakstā.

1932. gadā pils tika nodota Izglītības ministrijas pārziņā, kam bija pakļauta Pieminekļu valde, un tūlīt arī sākās plaši remonta un uzkopšanas darbi. 1933. gadā uzsākta interjeru restaurācija un bojāto veidojumu rekonstrukcija. 1935. gadā pabeigta rietumu korpusa pārbūve skolas vajadzībām. Kā lietošanai vairs nederīgas nojauca lielāko daļu zili apgleznoto podiņu krāšņu. Austrumu korpusa mazās ovālās koka kāpnes (Nr.13.) likvidēja, un telpai izveidoja vienlaidu pārsegumu, bet rietumu korpusa lielās saimniecības kāpnes, kas tāpat bija no koka un ar kokgriezumu balustriem, nomainīja pret dzelzsbetona kāpnēm. Rietumu korpusa otrā stāva anfilādē nojauca četras šķērssienas, uzbūvēja skatuvi un izveidoja skolas aktu zāli. Daļā telpu iekārtoja skolotāju dzīvokļus.

1938. gadā tiek panākta vienošanās par pils nodošanu Valsts vēsturiskajam muzejam un Valsts arhīvam, 1939. gadā uzsākti telpu pārbūvēšanas darbi, likvidējot daļu no apdares elementiem. No 1934. līdz 1940. gadam restaurē pils Zelta zāli. Valsts vēsturiskais muzejs atver pils telpas apmeklētājiem; muzejs darbojas līdz pat 1944. gada 17. augustam, kad  pilī ievācās abu armiju – vācu un krievu - pārstāvji. Par laimi, izšķirošā kauja norisinājās tālu ārpus teritorijas, un pils necieta.

1945. gadā pili savā pārziņā pārņem Bauskas rajona izglītības nodaļa, 1946. gadā - Izglītības ministrija. Taču tolaik pils zālēs un parādes telpās ierīkotās “Zagotzerno” graudu noliktavas nodara milzu postu ar ilgstoši nepārvaramām sekām stuka, mākslīgā marmora apdarei, gleznojumiem, zeltījumam, sudrabojumam un parketa grīdām. Vēlāk, kad graudi aizvākti un pili neveiksmīgi mēģina piedāvāt dažādām organizācijām, Rundāles pamatskola pārņem lietošanā arī centrālā korpusa telpas. Parādes ēdamzāli pārvērš par sporta zāli, pie mākslīgā marmora sienām piestiprinot basketbola grozus, aizmūrē ziemeļu durvju aili un izsit jaunu - izejai uz kāpnēm. Apartamentu sienas nokrāso ar eļļas krāsu, anfilādes telpās iekārto klases un darbmācības kabinetus. Parketus uzkopj tikai ar ūdeni un lupatu, bet pils vecās dēļu grīdas un kāpņu pakāpienus regulāri pārkrāso ar brūnu eļļas krāsu.

1959. gadā Bauskas novadpētniecības muzejs pilī ierīko mazu ekspozīciju. 1963. gadā pils tiek nodota Bauskas novadpētniecības muzejam, un 1964. gadā izveidota muzeja filiāle. Bet 1965. gada 15. septembrī pieņemts Latvijas PSR Ministru Padomes lēmums par pils restaurāciju un izmantošanu Valsts arhīva vajadzībām.

1971. gada 26.augustā tiek parakstīts lēmums par Rundāles pils muzeja dibināšanu.